nicolas galtier isem

Much evidence indicates that GC-biased gene conversion (gBGC) has a major impact on the evolution of mammalian ge-nomes. Correspondence: Nicolas Galtier, CNRS, Universite Montpellier 2, UMR 5554, ISEM, Montpellier, France. Je suis intéressé par divers aspects de l’évolution moléculaire, et par le développement de modèles et de méthodes permettant d’extraire l’information évolutive contenue dans les séquences biologiques. Genetics 159 2:907–911. [Google Scholar] Galtier N, Piganeau G, Mouchiroud D, Duret L. 2001. We generated de novo reference genomes for five independently evolved parthenogenetic species in the stick insect genus Timema and their closest sexual relatives. Human-driven dispersal in marine systems – Frédérique Viard, Station Biologique Roscoff, France. Strong variations of mitochondrial mutation rate across mammals – the longevity hypothesis. The impact of drift on genome diversity and evolution is known to vary among species, but quantifying this effect is a difficult task. La taille efficace des populations influence-t-elle l’évolution des génomes, et si oui comment? This work is contribution ISEM 2012-083 of the Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier. DILS takes as input single-population or two-population datasets and performs three types of analyses in a hierarchical manner, identifying: 1) the best demographic model to study … Je suis intéressé par divers aspects de l’évolution moléculaire, et par le développement de modèles et de méthodes permettant d’extraire l’information évolutive contenue dans les séquences biologiques. Trends in Genetics 23: 273-277. Galtier N, Duret L, Glémin S, Ranwez V. 2009. The intriguing evolutionary dynamics of plant mitochondrial DNA. BIOL.27(2014) 899–910 JOURNAL OF EVOLUTIONARY BIOLOGYª 2014 EUROPEAN SOCIETY FOR EVOLUTIONARY BIOLOGY 899 doi:10.1111/jeb.12361 This effect is supposed to be caused by GC-biased gene conversion (Duret and Galtier 2009), a mechanism by which a biased DNA-repair process favors G and C alleles during meiotic recombination. Galtier N. 2011. Nicolas Galtier 1 Olivier Gascuel 2 Alain Jean-Marie 3 Détails. Galtier nicolas nicolas.galtier@univ-montp2.fr. CNRS - Centre national de la recherche scientifique (UMR 5554) (établissement tutelle à partir de 1995) Galtier N. (a,*) Affiliations: a. CNRS – Université Montpellier 2 – UMR 5554 – ISEM – Montpellier, France b. Montpellier SupAgro – UMR 1334 – AGAP – Montpellier, France *corresponding author: e-mail: nicolas.galtier@univ-montp2.fr Abstract: References. Author summary The determinants of the rate at which species adapt to environmental changes are so far poorly understood. Contrasting GC-content dynamics across 33 mammalian genomes: relationship with life history traits and chromosome size. La taille efficace des populations influence-t-elle l’évolution des génomes, et si oui comment? BMC Biology 9:61. Personnel Equipe. Population size does not influence mitochondrial genetic diversity in animals. GC-content evolution in mammalian genomes: the biased gene conversion hypothesis. Phylogenetics in the Genomic Era . Adaptation or biased gene conversion? LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier. Celine Scornavacca 1 Frédéric Delsuc 1 Nicolas Galtier 1 Détails 1 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier Celine Scornavacca 1 AuthorId : 232815 Auteur IdHAL : celine-scornavacca EVOL. Bazin E., Glémin S. & Galtier N. 2006. Correspondence: Nicolas Galtier, CNRS, Université Montpellier 2, UMR 5554, ISEM, Montpellier, France. Bazin E., Glémin S. & Galtier N. 2006. Genome Research 20:1001-1009. Molecular Biology and Evolution 25: 120-130. : +33 4 67 14 48 18; fax: +33 4 67 14 36 10; e‐mail: emeric.figuet@univ-montp2.fr Search for more papers by this author This is ISEM publication number ISEM 2017-141. Marie-Ka Tilak, Fidel Botero-Castro, Nicolas Galtier, and Benoit Nabholz Marie-Ka Tilak Institut des Sciences de l'Evolution, ISEM, Université de Montellier, CNRS, IRD, EPHE, France Adaptation or biased gene conversion? Sylvain Glémin,1,2 Peter F. Arndt,3 Philipp W. Messer,4 Dmitri Petrov,5 Nicolas Galtier,1 and Laurent Duret 6 1 Institut des Sciences de l’Evolution (ISEM - UMR 5554 Université de Montpellier-CNRS-IRD-EPHE), 34095 Montpellier, France; Romiguier J., Ranwez V., Douzery E., & Galtier N. 2010. Genome Research 20:1001-1009. Nabholz B., Glémin S. & Galtier N. 2008. Thierry Boulinier (CEFE) Agnès Lèbre (LUPM) Jean-Frédéric Terral (ISEM) Responsable administratif : Alexia Vaillé (OSU OREME) The cover image was provided by Ylenia Chiari. Tel. Les processus génomiques égoïstes, tels que la conversion génique biaisée vers GC, pénalisent-ils significativement l’adaptation des organismes à leur environnement? Remi Allio 1 , Stefano Donega 1 , Nicolas Galtier 1 , Benoit Nabholz 1 Affiliation 1 ISEM, Univ. Institut des sciences de l'évolution de Montpellier : La demande en produits d’origine aquatique est croissante et va de pair avec une demande sociétale pour la qualité des produits et l’éthique de production. Extending the null hypothesis of molecular evolution. Institut des Sciences de l’Évolution de Montpellier (ISEM) 2019-11-12T15:25:46+01:00. Science 312: 570-571. Supplementary data are available at Molecular Biology and Evolution online. Tel. However, a detailed quantification of the process is still lacking. rices adjoints. Celine Scornavacca 1 Frédéric Delsuc 1 Nicolas Galtier 1 Détails. It performs neighbor-joining, parsimony and maximum likelihood methods and bootstrap with any of them. Genome and protein evolution – Nicolas Galtier, Institute des Sciences de l’Évolution Montpellier (ISEM), CNRS, University of Montpellier, France. : +33 4 67 14 48 18; fax: +33 4 67 14 36 10; e-mail: emeric.figuet@univ-montp2.fr ª 2014 THE AUTHORS.J. Correspondence: galtier@univ-montp2.fr Université Montpellier 2, CNRS UMR 5554 - Institut des Sciences de l’Evolution, Place E Bataillon - CC64, 34095 Montpellier, France 2 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique . Elle sera aussi suivie par les partenaires du projet collaboratif (ANR) dans lequel elle s’inscrit (Pierre-Alexandre Gagnaire & Céline Scornovacca, CNRS, ISEM, Montpellier) Trends in Genetics 23: 273-277. Many distances can be used including Jukes and Cantor, Kimura, Tajima and Nei, HKY, Galtier and Gouy (1995), LogDet for nucleotidic sequences, Poisson correction … Science 312: 570-571. Directeur - Nicolas GALTIER à partir du 01/01/2020 Directrice adjointe - Carole SMADJA à partir du 01/01/2020 Etablissements. Extending the null hypothesis of molecular evolution. Celine Scornavacca 1 Frédéric Delsuc 1 Nicolas Galtier 1 Détails 1 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier Celine Scornavacca 1 AuthorId : 232815 Auteur IdHAL : celine-scornavacca Contrasting GC-content dynamics across 33 mammalian genomes: relationship with life history traits and chromosome size. This project was supported by a European Research Council (ERC) grant to Nicolas Galtier (ERC PopPhyl 232971). ... Nicolas Galtier, Marjolaine Rousselle … Lauréat de la médaille d'argent du CNRS, Nicolas Galtier est chercheur en biologie évolutive à l’Institut des sciences de l’évolution, spécialisé dans l’évolution des génomes via les modèles de la génétique des populations et de la phylogénie. Molecular Biology and Evolution 25: 120-130. 1 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier Les recherches au sein de l’ISEM concernent l’origine et la dynamique de la biodiversité, ainsi que les modalités et les mécanismes de son évolution. the PopPhyl project Popphyl project 374 transcriptomes in 76 non-model species Nicolas Galtier (isem) J. Romiguier et al., 2014, Nature What are the determinants of genetic diversity ? Montpellier, CNRS, IRD, EPHE, Montpellier, France. Strong variations of mitochondrial mutation rate across mammals – the longevity hypothesis. Identification des SNP Maj M/P RC1 RC2 … RC9 RC10 C M 12 8 … 8 1 A P 6 10 … 5 12[11/0/0/1] A P 9[6/3/0/0] 5[5/0/0/0] ... 5[4/1/0/0] 9[0/9/0/0] Author: nabholz Created Date: Trends Genet. BMC Biology 9:61. Quelques questions que j’aimerais traiter dans les années à venir: Les variations entre espèces (animales) du taux d’évolution moléculaire et du niveau de polymorphisme génétique sont-elles prédictibles sur la base de leur biologie et de leur écologie? In particular, whether adaptation is limited by the mutation supply, which is linked to species population size, is still an open question despite its importance in conservation biology. La dynamique évolutive de l’ADN mitochondrial est-elle influencée par le rôle de ce génome dans la sénescence? Jan 1, 0001 Je suis intéressé par divers aspects de l’évolution moléculaire, et par le développement de modèles et de méthodes permettant d’extraire l’information évolutive contenue dans les séquences biologiques. Staff Team. Genetic drift is an important evolutionary force of strength inversely proportional to Ne , the effective population size. Galtier N. 2011. Author IdHAL : nicolas-galtier ORCID : https://orcid.org/0000-0002-0479-4878. Nabholz B., Glémin S. & Galtier N. 2008. The shift from sexual reproduction to parthenogenesis has occurred repeatedly in animals, but how the loss of sex affects genome evolution remains poorly understood. The intriguing evolutionary dynamics of plant mitochondrial DNA. YC has been partially supported by a FCT postdoctoral fellowship SFRH/BPD/73515/2010. PMID: 28981721 DOI: 10.1093/molbev/msx197 Abstract It is commonly assumed that mitochondrial DNA (mtDNA) evolves … Galtier nicolas nicolas.galtier@univ-montp2.fr. 1 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (Place E. Bataillon CC 064 34095 Montpellier Cedex 05 - … La dynamique évolutive de l’ADN mitochondrial est-elle influencée par le rôle de ce génome dans la sénescence? 4. Romiguier J., Ranwez V., Douzery E., & Galtier N. 2010. Les processus génomiques égoïstes, tels que la conversion génique biaisée vers GC, pénalisent-ils significativement l’adaptation des organismes à leur environnement? We present DILS, a deployable statistical analysis platform for conducting demographic inferences with linked selection from population genomic data using an Approximate Bayesian Computation framework. 1 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier . Par les conflits nucléo-cytoplasmiques? Galtier N. & Duret L. 2007. Using these references in combination with population … Par les conflits nucléo-cytoplasmiques? Quelques questions que j’aimerais traiter dans les années à venir: Les variations entre espèces (animales) du taux d’évolution moléculaire et du niveau de polymorphisme génétique sont-elles prédictibles sur la base de leur biologie et de leur écologie? GC-biased gene conversion promotes the fixation of deleterious amino acid changes in primates. Population size does not influence mitochondrial genetic diversity in animals. Ballard. 25 1:1–5. ISEM: Sylvain Glémin Nicolas Galtier. Galtier N. & Duret L. 2007. Descriptif de l’encadrement de la thèse : La thèse sera co-encadrée par Benoit Nabholz (Maître de Conférences, ISEM, Montpellier) et Nicolas Galtier (DR CNRS, ISEM, Montpellier). Supplementary Material. Many distances can be used including Jukes and Cantor, Kimura, Tajima and Nei, HKY, Galtier and Gouy (1995), LogDet for nucleotidic sequences, Poisson correction for protein sequences, Ka and Ks for codon sequences. ©2020 Nicolas Galtier | All Rights Reserved | Designed and Built by HEKKTA Jan 1, 0001 Je suis intéressé par divers aspects de l’évolution moléculaire, et par le développement de modèles et de méthodes permettant d’extraire l’information évolutive contenue dans les séquences biologiques. The strength of gBGC can be measured from the analysis of derived allele frequency spectra (DAF), but this approach is sensitive to a number of confounding factors.

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